试管婴儿的费用相对较高，一次完整的治疗周期可能需要数万元人民币，且成功率并非百分之百，多次尝试将大幅增加家庭的经济压力。需补充的是，部分地区的医疗保险可能不覆盖此项费用，进一步加重了患者的经济负担。女性在进行试管婴儿过程中，需要接受促排卵药物的注射，以促进多个卵泡的发育。
这可能招致卵巢过度刺激综合症，表现为腹胀、腹痛、恶心等症状，严重时甚至需要住院治疗。取卵手术本身也有一定的风险，如出血、感染等。试管婴儿过程漫长且充满不确定性，患者及其伴侣可能会经历焦虑、抑郁等情绪问题。每一次失败都可能对患者的心理造成打击，影响夫妻关系，甚至造成家庭矛盾。为了提高成功率，医生可能会选择移植多个胚胎，这增加了多胎妊娠的可能性。多胎妊娠相较于单胎妊娠，孕妇面临更高的孕期并发症风险，如高血压、糖尿病、早产等，共时性地新生儿低体重、呼吸困难等问题的发生率也更高。
试管婴儿涉及的伦理问题复杂，如胚胎的处理、特需的使用等，不同国家和地区对此有不同的法律规定。患者在选择试管婴儿前，应充分了解并考虑相关法律法规，避免不必要的纠纷。虽然试管婴儿技术可以通过基因检测筛选出健康的胚胎，但并不能完全隔离遗传疾病的风险。对于已知携带遗传病基因的家庭，需谨慎评估风险，必要时可咨询遗传学专家。试管婴儿的成功率受多种因素影响，包括年龄、不孕原因、生活方式等。年轻女性的成功率相对较高，但随着年龄的增长，成功率显著下降。
加之，哪怕成功怀孕，也不意味着能够顺利分娩健康婴儿。